L'histoire se déroule principalement sur l'île de Dejima, seul poste de traite européen accepté par le Shogun de l'époque. Sous un contrôle étroit des autorités, ce « sas » entre le Japon et le reste du monde représentait l'unique morceau de terre japonaise où des Européens pouvaient se rendre. Exceptions faites des quelques excursions à la Magistrature de Nagasaki ou, plus rarement, jusqu'à Edo, autorisées de temps à autres pour raisons diplomatiques. Ces Européens résidant à Dejima, une poignée en réalité, étaient des employés de la Compagnie néerlandaise des Indes Orientales, la VOC (Vereenigde Oost-Indische Compagnie).
Le roman débute à l'arrivée du Shenandoah au poste de traite, pour la saison commerciale de 1799. Son capitaine, Vortensboch, a reçu pour consigne, premièrement, d'obtenir du Japon une augmentation des quantités de cuivre cédées par ce dernier, deuxièmement, de mettre de l'ordre dans les comptes et de débusquer les détournements de marchandises qui y ont lieu. Pour cela, il s'est fait accompagner de Jacob de Zoet, jeune clerc qui va rapidement affronter les réalités d'une enclave européenne à l'étranger : éloignement de la contrée natale et de sa fiancée, compatriotes qui ne voient pas l'arrivée de ce fouineur d'un bon œil, barrière de la langue avec des Japonais (mis à part les interprètes) dont la plupart s'avèrent être des espions du shogunat, et cætera.
Ainsi, les voyages forment la jeunesse. Jacob de Zoet fait la connaissance de Lucas Marinus, homme de sciences en phase avec les nouvelles idées qui percent en cette période des Lumières, trouve sans délais un acquéreur pour le mercure qu'il a amené avec lui sur le Shenandoah, et croise Aibagawa Orito, jeune sage-femme au visage à moitié brûlé, dont il tombe sous le charme. Mais tout bascule à la fin de la saison commerciale : Jacob doit affronter les réalités des bassesses humaines, se retrouve coincé sur Dejima pour quatre ans et apprend le départ d'Orito pour le monastère de l'Abbé Enomoto, sur le Mont Shiranui…
Tu n'en dévoileras pas plus (c'est-à-dire pas beaucoup plus que la quatrième de couverture), car ce serait alors trop en dire. Il s'agit d'une œuvre qui ne porte pas de prétention particulière, mais parvient, parce qu'elle possède toutes les qualités dont un livre devrait disposer, à passionner sans avoir à recourir à une analyse de texte.
Les atouts de cet ouvrage s'avèrent donc multiples, et la trame n'en est pas le moindre. David Mitchell réussit de main de maître à écrire une histoire qui mêle l'épique du roman historique au suspense du récit d'aventures, avec des séquences de grande tension, sans oublier des aspects plus intimistes. Le soin apporté aux protagonistes et à leurs sentiments (sans entrer dans le mélodrame ou le sentimental) les rendent extrêmement intéressants. On y croise en effet des personnages attachants, d'autres plus inquiétants, en tout cas qui ne laissent pas indifférent et se révèlent authentiques. Il s'agit là d'ailleurs d'un qualificatif convenable pour Les Mille automnes de Jacob de Zoet, car il décrit un Japon du XVIIIe – XIXe siècle réaliste, absolument pas fantasmé. La grandeur de cette civilisation apparaît clairement au lecteur, aussi bien que l'horreur d'une société médiévale de caste. Ce roman d'un peu plus de 700 pages se dévore, tel un page turner ayant l'intelligence d'un grand récit dont la lecture a pour résultat autant d'instruire que de divertir.
